第一卷 石英联盟 第一集 系统诞生 第二集 皮卡丘 就决定是你了 第三集 记忆融合 系统启动 第四集 触发系统任务 第五集 系统奖励与治疗 第六集 服用药剂与波导之力 第七集 收服巨型大岩蛇 第八集 隐藏任务与常磐深林 第九集 收服闪光神奇宝贝 第十集 任务完成 第十一集 任务奖励与武士少年的挑战 第十二集 第一次对战的胜利 第十三集 尼比道管我来了 第十四集 任务与尼比道馆的挑战 第十五集 小刚的加入 第十六集 地狱般的特训 第十七集 训练与小刚的试验1 第十八集 传奇任务的触发 第十九集 训练与小刚的试验2 第二十集 月见山与皮皮 第二十一集 反派火箭队 第二十二集 月亮石与皮皮 第二十三集 第一个碎片与华蓝市 第二十四集 华蓝市的道馆在哪 第二十五集 小智和小刚的愤怒 第二十六集 与小霞的对战 第二十七集 抵达枯叶市 第二十八集 特训的开始 第二十九集 特训的成果 第三十集 小智的领悟 第三十一集 系统升级 第三十二集 新的系统与奖励 第三十三集 新的伙伴 第三十四集 独一无二的神奇宝贝 第三十五集 巨大的快龙 第三十六集 收服进行时 第三十七集 收服巨大快龙 第三十八集 枯叶市的道馆挑战 第三十九集 皮卡丘VS雷丘 第四十集 圣安奴号 第四十一集 船上的战斗 第四十二集 终于安全了 第四十三集 殴打高富帅 第四十四集 收服第二只巨大的神奇宝贝 第四十五集 毒刺水母的愿望 第四十六集 少女峡的鬼斯 第四十七集 兑换与提升 第四十八集 对战娜姿1 第四十九集 对战娜姿2 第五十集 对战娜姿3 第五十一集 彩虹市的游戏厅 第五十二集 彩虹游戏王 第五十三集 满载而归 第五十四集 分赃进行曲 第五十五集 彩虹市的道馆挑战 第五十六集 毫无悬念的比赛1 第五十七集 毫无悬念的比赛2 第五十八集 美容街与任务 第五十九集 新的伙伴 第六十集 P1大赛1 第六十一集 P1大赛2 第六十二集 P1大赛3 第六十三集 P1大赛4 第六十四集 P1大赛5 第六十五集 P1大赛6 第六十六集 P1大赛7 第六十七集 P1大赛8 第六十八集 挑战浅红道馆 第六十九集 集体进化与帝牙卢卡的苏醒 第七十集 抵达野生原野区 第七十一集 野生原野区的危机 第七十二集 火箭队袭来 第七十三集 危机解除 第七十四集 迷你龙与哈克龙的新归宿 第七十五集 复活的化石神奇宝贝 第七十六集 收服古代神奇宝贝 第七十七集 妙蛙种子的不可思议花园 第七十八集 妙蛙种子的不可思议花园2 第七十九集 到达红莲岛 第八十集 小茂的挑衅 第八十一集 久违的任务 第八十二集 对战进行中 第八十三集 小茂的迷茫 第八十四集 红莲道馆的挑战 第八十五集 红莲徽章 第八十六集 回家的路1之传奇任务 第八十七集 回家的路2之组建势力 第八十八集 回家之路3之势力初成 第八十九集 回家之路4之前往常磐市 回家之路5之常磐道馆 第九十一集 回家之路6之诱拐超梦 第九十二集 回家之路终 第九十三集 在真新镇的日子 第九十四集 宿敌大对决 第九十五集 一边倒的战斗1 第九十六集 一边倒的战斗2 第九十七集 开火，神奇宝贝联盟开会式1 第九十八集 开火，神奇宝贝联盟开会式2 第九十九集 收服双鸟1 第一百集 收服双鸟2 第101集 石英大会1之初赛